枯草芽孢桿菌對水產養殖中的弧菌、大腸桿菌、桿狀病毒等有害微生物有很強的抑制作用，能分泌大量幾丁質酶，分解養殖池中的有毒有害物質，凈化水質的同時能分解池中殘留的餌料、糞便、有機物等，對水中的小顆粒垃圾有很強的清理作用。枯草芽孢桿菌也廣泛用于飼料。它具有較強的蛋白酶、脂肪酶和淀粉酶活性，能促進飼料中營養物質的降解，使水產動物更充分地吸收和利用飼料。

枯草芽孢桿菌可以減少對蝦疾病的發生，可以大大提高對蝦的產量，從而提高經濟效益、生物環境保護，刺激水產動物免疫器官的發育，增強免疫力；減少對蝦病害的發生，顯著提高對蝦的產量，從而提高經濟效益，凈化水質，無污染，無殘留。